Nicholas fue visto por última vez jugando baloncesto con amigos en su ciudad natal de San Antonio, Texas, el 13 de junio de 1994. Llamó a su casa y quería que su madre lo recogiera, pero ella estaba dormida y el hermano mayor de Nicholas se negó a despertarla. Nunca regresó a casa.
Las autoridades inicialmente creyeron que Nicholas se fue por su propia voluntad. Lo había hecho antes, pero nunca durante más de un día. Su madre afirmó que ocasionalmente la golpeaba y la maldecía, y que a menudo se llamaba a la policía a la residencia en respuesta a las discusiones. Su madre hizo que el hermano de Nicholas se mudara a su casa en un esfuerzo por mantener a su hijo bajo control.
Nicholas se ausentaba con frecuencia y se metía en problemas cuando asistía a la escuela. Tiene antecedentes penales juveniles; irrumpió en una tienda de conveniencia, robó un par de zapatos y amenazó a un maestro. La audiencia de sentencia se fijó para el 14 de junio, el día después de su desaparición. Una posibilidad era la colocación en un hogar grupal, y Nicholas se opuso mucho a esto.
El 25 de septiembre, el medio hermano mayor de Nicholas llamó a la policía y dijo que pensó que vio a Nicholas tratando de irrumpir en el garaje de la familia. Nicholas huyó cuando se dio cuenta de que su hermano lo había visto. La policía registró el vecindario, pero no pudo encontrarlo. No creen que el hermano de Nicholas lo haya visto, ni tampoco su madre.
Los agentes del orden recibieron una llamada telefónica de un hombre en un refugio para jóvenes en Linares, España, en octubre de 1997, más de tres años después de la desaparición de Nicholas. La persona que llamó dijo que Nicholas vivía en el refugio español después de escapar de una operación de anillo sexual infantil. El hombre dijo que la persona que se creía que era Nicholas había sido abusada durante años. La hermana de Nicholas voló a España, identificó a la persona como su hermano y lo trajo de regreso a Texas.
La madre de Nicholas creía que el hombre era su hijo, pero muchas otras personas, incluido su tío, sospechaban de sus afirmaciones. El individuo tenía cabello castaño oscuro y ojos castaños oscuros, y hablaba con acento francés y frases europeas. Afirmó que sus secuestradores habían alterado químicamente su cabello y color de ojos y que había aprendido diferentes patrones de habla por vivir en Europa durante tanto tiempo.
El individuo se negó a proporcionar voluntariamente muestras de sangre o que le tomaran huellas dactilares para confirmar su identidad, y se negó a nombrar a sus secuestradores. En febrero de 1998, el FBI obtuvo una orden judicial para tomar las huellas dactilares y la sangre del individuo y determinar una coincidencia con Nicholas.
Las huellas dactilares identificaron al hombre como Frederic Pierre Bourdin, un ciudadano francés de 23 años que se hacía pasar por Nicholas. Bourdin tiene antecedentes penales en Europa y ha utilizado muchos alias. Se declaró culpable de fraude de pasaportes y perjurio en 1998, admitiendo que se había hecho pasar por Nicholas después de obtener la información del niño desaparecido de un centro de niños desaparecidos.
Después de que Bourdin fue expuesto, hizo varias declaraciones contradictorias sobre Nicholas: afirmó que había conocido a Nicholas en España y que el niño estaba vivo, afirmó que tenía pruebas de que Nicholas había fallecido, y luego negó haber conocido a Nicholas en absoluto y declaró no sabía nada del caso. Fue sentenciado a seis años de prisión, más de tres veces lo que sugerían las pautas de sentencia, por el daño que causó a la familia Barclay.
Después de que se descubrió la identidad de Bourdin, la policía comenzó a investigar a la familia de Nicholas por una posible participación en su desaparición. Su madre era adicta a la heroína en 1994, pero se recuperó después de que él desapareció. Pasó un polígrafo sobre el caso de Nicholas, pero falló el segundo.
El hermano de Nicholas desarrolló un problema de drogas después de su desaparición y murió de una sobredosis de cocaína más tarde en 1998. Había sido considerado un posible sospechoso de la desaparición de su hermano, y con su muerte la investigación se estancó.
Nicholas nunca ha sido localizado y su caso sigue sin resolverse.
Nicholas Patrick Barclay
